ระยะระหว่างการผ่าตัดเริ่มต้นเมื่อผู้รับการทดลองได้รับการผ่าตัดในพื้นที่ผ่าตัด

(เช่น ห้องผ่าตัดหรือแผนก ศัลยกรรม  ) และจะดำเนินไปจนกว่าผู้รับการทดลองจะถูกย้ายไปยังพื้นที่พักฟื้น (เช่นหน่วยดูแลหลังการดมยาสลบ ) มีการทำแผลเพื่อเข้าถึงบริเวณที่ทำการผ่าตัด หลอดเลือดอาจถูกหนีบหรือกัดกร่อนเพื่อป้องกันเลือดออก และอาจใช้อุปกรณ์ดึงกลับเพื่อให้บริเวณนั้นเปิดออกหรือเปิดแผลไว้ วิธีการไปยังสถานที่ผ่าตัดอาจเกี่ยวข้องกับการผ่าและการผ่าหลายชั้น เช่น การผ่าตัดช่องท้อง ซึ่งการผ่าท้องจะต้องผ่านผิวหนัง เนื้อเยื่อใต้ผิวหนัง กล้ามเนื้อสามชั้น และเยื่อบุช่องท้อง ในบางกรณี อาจต้องตัด กระดูกเพื่อเข้าถึงภายในร่างกายต่อไป ตัวอย่างเช่น การตัดกะโหลกเพื่อผ่าตัดสมอง หรือการตัด กระดูกอกเพื่อการผ่าตัดทรวงอก (ทรวงอก)เพื่อเปิดกรงซี่โครง ขณะอยู่ในระหว่างการผ่าตัดใช้เทคนิคปลอดเชื้อเพื่อป้องกันการติดเชื้อหรือการแพร่กระจายของโรคต่อไป มือ ข้อมือ และท่อนแขนของศัลยแพทย์และผู้ช่วยจะถูกล้างให้สะอาดเป็นเวลาอย่างน้อย 4 นาที เพื่อป้องกันเชื้อโรคเข้าสู่สนามผ่าตัด จากนั้นจึงสวมถุงมือปลอดเชื้อบนมือ น้ำยาฆ่าเชื้อถูกนำไปใช้กับบริเวณร่างกายของบุคคลที่จะทำการผ่าตัด ผ้าม่านปลอดเชื้อถูกวางไว้รอบ ๆ บริเวณที่ทำการผ่าตัด ทีมศัลยแพทย์สวมหน้ากากอนามัยเพื่อหลีกเลี่ยงไม่ให้เชื้อโรคในหยดของเหลวจากปากและจมูกปนเปื้อนบริเวณที่ทำการผ่าตัด